L’AFP est administrée par un conseil d’administration présidé par le président-directeur général. Il comprend en plus du président, cinq représentants, des directeurs d’entreprises françaises de publication de journaux quotidiens désignés par les organisations professionnelles les plus représentatives. Deux représentants des sociétés nationales de programmes, trois représentants des services publics usagers de l’Agence, trois représentants du personnel de l’AFP et cinq personnalités nommées par le conseil supérieur de l’Agence en raison de leur connaissance des médias et des technologies numériques et de leurs compétences économiques et de gestion, trois d’entre elles au moins possédant une expérience significative au niveau européen  ou international.